Sesuai dengan peraturan Bupati Morowali Utara Nomor 12 tahun 2019, susunan organisasi Badan Kepegawaian dan Pegembangan Sumber Daya Manusia Daerah, terdiri atas :
a.  Kepala Badan

b.  Sekretaris, membawahi ;

  1.  Sub Bagian Program, Keuangan dan Aset; dan

  2.  Sub Bagian Umum dan Kepegawaian

c.   Bidang Informasi, Pengadaan, Pemberhentian, Mutasi  dan Promosi :

   1.  Sub Bidang Pengadaan dan Pemberhentian

   2.  Sub Bidang Data, Informasi dan Fasilitasi Profesi Aparatur Sipil Negara

   3.  Sub Bidang Mutasi, Kepangkatan, Pengembangan Karier dan Promosi 
d.  Bidang Pengembangan, Penilaian, Kinerja dan Penghargaan Aparatur :
  1.  Sub  Bidang  Pendidikan  dan  Pelatihan  Penjenjangan,  Sertifikasi  dan  Teknis

Fungsional

   2.  Sub Bidang Pengembangan Kompetensi, Disiplin dan Penghargaan

   3.  Sub Bidang Penilaian dan Evaluasi Kinerja Aparatur 
e.  UPT Badan: dan 
  f.   Kelompok Jabatan Fungsional